とあるレッスン中の問題で疑問があったので誰かご確認お願いしま...

先のお二方が答えられているように、「それは最高の科学の授業だった」"it was one of the most interesting science classes"と過去形なので、「彼女がかつて受けたクラスで」の部分は、その過去のとき以前に起きている必要があるので、"she had ever had"と過去完了が適当だと思います。

別件でもう一つ。
「フィリピン講師の答え」の"She remember it was one of the most science class she had ever had."で、疑問点がいくつか。
まず、文頭は"She remember"ではなく、"She remembered"と過去形か、または、"She remembers"と三単現の"s"が付いた現在形かのどちらかだったと思います。（または講師のミスタイプ？）
次に、"one of the most interesting science classes"と、"interesting"がないと変だという点。されに、classは"classes"と複数形のはず。（これらも、講師のミスタイプ?)
これらが、全部講師のミス？ミスタイプだったとすると･･･。

※自分のミス、ミスタイプもいくつかあったので、訂正しました。

意味で考えるよりも英文法はこういうものだからと考えた方が理解し易い気がします。
It was one of the most science class she had ever had.

It was とこの時点で過去形になっています。
この時点で過去なのでそこに従属する文章は過去or過去完了でないと駄目です。

It＝過去の事（物）と限定しているので、現在完了形を続けることは時系列がおかしく感じます。
現在も続いている経験の中でというならIt is one ofですね。

彼女が現在もan undergraduateの身分で何らかの科学の講義を受け続けているなら、She has ever hadを使って
It is one of the most science class she has ever hadの方が自然だと思います。

Emily がその場で Layla に自分の経験として(臨場感をもって)語る場合は have ever had, 一方で、質問者さんが第三者目線で Emily が過去に語った内容を伝える場合(”彼女は～を覚えてるんだってさ。”という具合に)は had ever had になる。と解釈しました。

追記です：
・時間A -> Emily が話した時
・時間B -> フィリピン講師が答えた時

この 時間A-Bの間のできごとはEmilyにしかわからず、もしかしたらさらにいいSience Classと巡り合っているかもしれません。そのため、時間Bにおいては、現在完了形では表現できず(A-B間も含んでしまうため)、過去完了形（時間Aの時点のみ参照）で表現しているのです。